1. 能量摄入不足与代谢变化
辟谷期间热量摄入骤减，身体进入低代谢状态，可能导致血糖下降、酮体升高（脂肪分解产物），从而刺激神经系统，引发入睡困难或睡眠片段化。低血糖会导致头晕、乏力，甚至夜间惊醒；而酮体水平升高可能干扰褪黑素分泌，影响睡眠节律。部分研究提到，每日至少摄入300大卡流食（如米汤、果蔬汁）可缓解能量不足导致的失眠。
2. 气血失衡与脏腑功能失调
中医理论认为，长期辟谷可能导致心脾两虚或肝血不足。例如：
气血不足还可能引发疲乏嗜睡与失眠交替的现象。
3. 心理压力与情绪波动
辟谷期间对饥饿感的焦虑或过度关注自身状态，可能激活交感神经，导致情绪紧张、焦虑甚至抑郁，进而影响睡眠。部分人通过478呼吸法（吸气4秒-屏息7秒-呼气8秒）或五行音乐调节情绪。集体辟谷环境可能通过同伴支持减轻心理压力。
4. 生物钟与消化节律紊乱
辟谷打乱了正常的饮食和消化周期，可能间接影响褪黑素分泌。建议固定作息时间（如22点前卧床），避免日间补觉超过30分钟，并通过遮光眼罩、古琴曲等调节自主神经。部分案例显示，辟谷后睡眠时间减少但白天精神充沛，属于“神足不思眠”的调整现象。
5. 排病反应或气冲病灶
部分人将辟谷失眠视为身体自我修复的“排病反应”，尤其在辟谷3-5天后可能出现梦境增多、短暂性失眠，可能与毒素代谢或阳气上升有关。但若伴随心悸、眩晕超过1周，需警惕过度消耗元气，应及时就医。
6. 其他因素
辟谷失眠是生理、心理及代谢变化的综合结果。短期失眠可通过调整饮食（如淡盐水、红枣）、穴位按摩（涌泉穴、三阴交）、呼吸练习及心理调节缓解；长期或严重失眠需终止辟谷并寻求专业指导。若失眠伴随其他症状（如幻觉、持续心悸），应立即就医。